Le traitement et l'élimination des biodéchets sont assurés par une filière dédiée qui permet leur valorisation avec notamment un retour à la terre. Des risques professionnels spécifiques ont été observés chez tous les acteurs de la filière, qu'il s'agisse des producteurs, des collecteurs, ou encore des centres de valorisation par méthanisation ou compostage. Il est possible de prévenir ces risques en mettant en œuvre différentes mesures de prévention.